En raison de ses précieuses ressources en bois, la région de Hida autour de Takayama a été placée sous le contrôle direct du shogunat Tokugawa en 1692. Le Takayama Jinya (高山陣屋) servait de bureau du gouvernement local dirigé par les fonctionnaires dépêchés d’Edo (aujourd’hui Tokyo). Le complexe de bâtiments a été utilisé officiellement jusqu’en 1969 et est maintenant ouvert au public en tant que musée. Il comprend diverses salles de tatami bien entretenues qui servaient autrefois de bureaux, de salles de conférence, de chambres d’hôtes ou espace résidentiel. Il y a aussi une salle d’interrogatoire intéressante.

A côté du bâtiment principal se dresse un grand entrepôt construit dans les années 1600. Connu comme le plus grand entrepôt de riz traditionnel au Japon, il fonctionne maintenant comme un musée, présentant des biens et des documents officiels des anciens seigneurs féodaux, d’anciennes cartes de la région de Hida et des plans de ville historiques.