Le Taiyuin (大猷院, Taiyūin) est le mausolée du troisième shogun Tokugawa, Iemitsu, le petit-fils d’Ieyasu. Le somptueux complexe de mausolées d’Iemitsu ressemble au sanctuaire Toshogu de Nikko dans sa disposition et son architecture, mais il a été intentionnellement construit un peu plus modestement que le Toshogu, en raison du profond respect d’Iemitsu pour son grand-père. Taiyuin est le nom posthume d’Iemitsu.

Comme le Toshogu, le Taiyuin présente un mélange de structures bouddhistes et shintoïstes. Il était courant que les lieux de culte contiennent des éléments des deux religions jusqu’à la période Meiji, lorsque le shintoïsme a été délibérément séparé du bouddhisme. Dans tout le pays, des éléments bouddhistes ont été retirés des sanctuaires et vice versa, mais à Taiyuin, la séparation n’a pas été complètement réalisée. Alors que Toshogu était officiellement devenu un sanctuaire, le Taiyuin est devenu un sous-temple du temple Rinnoji voisin.
Une courte promenade à l’ouest du sanctuaire Toshogu emmène les visiteurs à la porte vermillon Niomon, l’entrée du Taiyuin. Continuer mène à la porte Nitenmon plus richement décorée qui est gardée par deux rois célestes, suivie de deux belles structures – une tour de tambour à gauche et un beffroi à droite.

En arrivant à la porte Karamon qui se dresse majestueusement devant la salle de prière (haiden), cherchez la célèbre sculpture d’un dragon blanc qui embellit l’imposte de la porte. Les visiteurs sont autorisés à entrer dans le haiden et à voir son joli décor intérieur avec des ornements précieux, un élégant plafond à caissons, de belles sculptures et des piliers et des murs laqués d’or. Le hall principal (honden) est situé juste derrière le haiden mais ne peut être vu que de l’extérieur. Les deux salles sont reliées par un court couloir et les structures combinées ont une façade légèrement subtile mais grandiose. À côté des salles dans l’enceinte la plus intérieure se trouve le mausolée de Tokugawa Iemitsu, qui confère un charme composé et digne au temple.