Environ dix minutes après le début du sentier pédestre se dresse une pagode à cinq étages entourée de cèdres. Un texte classique indique que ce trésor national a été construit pour la première fois en 937. Juste avant le sommet, un bâtiment appelé Saikan et relié au sanctuaire de Haguro-san, propose un hébergement dans un temple (shukubo). Un séjour à Saikan offre aux visiteurs un hébergement simple dans une salle de tatami, un dîner et un petit-déjeuner dans le style de la cuisine végétarienne bouddhiste (« shojin ryori ») et la possibilité d’assister à la cérémonie matinale du sanctuaire.Le sanctuaire principal de Haguro-san abrite les divinités des trois sanctuaires Dewa Sanzan, ce qui en fait le plus important des trois. Le bâtiment principal, Sanjin Gosaiden, présente le toit de chaume le plus épais du Japon, avec plus de deux mètres d’épaisseur. Au sommet se trouve également le musée historique Dewa Sanzan contenant des informations sur les sanctuaires en japonais, ainsi que des œuvres d’art et des artefacts.