La légende raconte que Kobo Daishi, le fondateur du bouddhisme Shingon, a jeté son sankosho (un outil de cérémonie bouddhiste à trois volets) de Chine, où il avait étudié, vers le Japon. siège de sa nouvelle religion, il tombe sur son sankosho planté dans les branches d’un pin à Koyasan et commence la construction du Garan, le complexe du temple central de Koyasan. Le pin, qui a attrapé le sankosho, y pousse toujours.

La salle Kondo est une grande salle de temple en bois où se déroulent les grandes cérémonies. Le bâtiment a été incendié à plusieurs reprises par rapport à la salle actuelle datant de 1932. Il abrite une image de Yakushi Nyorai, le Bouddha de la médecine et de la guérison. À côté de la salle Kondo se dresse la pagode vermillon Konpon Daito, une pagode à deux niveaux de style tahoto de 45 mètres de haut. au milieu de l’intérieur de la pagode et est entouré de statues et de peintures sur des piliers, qui forment ensemble un rare mandala tridimensionnel (une carte métaphysique du cosmos).Les mandalas sont généralement des peintures bidimensionnelles.

Kobo Daishi a commencé à construire la salle Kondo et la pagode Daito, mais il n’a pas pu les terminer lui-même.Ses successeurs ont achevé la construction des deux structures principales et ont également agrandi le terrain du Garan avec plusieurs salles et pagodes supplémentaires au fil du temps. sont le Toto (pagode orientale), Saito (pagode occidentale), Miedo (salle du fondateur) et le sanctuaire Koya Myojin, qui abrite les kami locaux (divinités shintoïstes) du mont Koya.