Les visiteurs entrent dans Eiheiji par la salle de réception (Kichijokaku), un temple moderne pour les laïcs, avec sa propre cuisine, sa propre salle de bain, ses dortoirs, ses salles d’étude et une grande salle de méditation ornée d’un plafond à caissons magnifiquement décoré. Les visiteurs reçoivent d’abord une brève orientation sur le temple en japonais avant de pouvoir explorer les jardins du temple par eux-mêmes. De bonnes brochures en langues étrangères sont disponibles qui décrivent les différents bâtiments en détail. Des allées couvertes mènent de la salle de réception aux bâtiments les plus importants du temple sur le plan historique, notamment la porte Sanmon, qui a été reconstruite en 1749 et est aujourd’hui le plus ancien bâtiment debout sur le terrain ; la salle du Bouddha (Butsuden) au centre du complexe, qui abrite des statues du Bouddha passé, présent et futur ; la grande salle de conférence principale (Hatto) en haut de la pente ; et la salle du fondateur (Joyoden), qui contient les cendres de Dogen et des images des moines principaux successifs d’Eiheiji.

Quelques autres bâtiments importants ne peuvent être vus que de l’extérieur, notamment les quartiers des moines (Sodo), où les moines mangent, dorment et méditent ; la cuisine (Daikuin) où sont préparés chaque jour les repas des moines ; et les bains et les toilettes (Yokushitsu et Tosu), car le bain est un rituel de purification important dans le bouddhisme zen soto. De plus, un beau beffroi peut être vu sous la porte Sanmon, tenant une cloche de bronze géante qui sonne quatre fois par jour.