Le sanctuaire Shoin (松陰神社, Shōin Jinja) abrite Yoshida Shoin, une figure importante de Hagi qui a inspiré des idées révolutionnaires au crépuscule de l’ère féodale du Japon (milieu des années 1800). Shoin a préconisé l’apprentissage de l’Occident et la restauration du pouvoir à l’empereur, défiant ainsi ouvertement le shogunat au pouvoir. Bien que Shoin n’ait pas vécu jusqu’à la restauration Meiji (1868), nombre de ses étudiants ont été des pionniers de la création du Japon moderne, et Shoin est considéré par beaucoup comme un patriote qui s’est sacrifié pour le bien de son pays. En 1854, Shoin a été persécuté par le shogunat pour avoir tenté d’aller à l’étranger sans autorisation et condamné d’abord à la prison, puis à l’assignation à résidence. Après avoir été libéré pendant une brève période, il a été mis à mort à l’âge de 30 ans pour une tentative d’assassinat ratée contre un fonctionnaire du shogunat. Le bâtiment du sanctuaire actuel a été achevé en 1955 en mémoire de Shoin et est situé à l’est de l’ancienne ville fortifiée de Hagi, non loin du temple Tokoji.

Dans le même complexe que le sanctuaire de Shoin se trouve l’ancienne résidence de Shoin, où les visiteurs peuvent voir la petite salle de trois tatamis et demi dans laquelle Shoin a été confiné pendant qu’il purgeait sa peine d’assignation à résidence. À côté de la résidence se trouve l’école Shokason Juku, un petit bâtiment en bois où Shoin donnait des conférences après sa libération temporaire. Des portraits des élèves illustres de Shoin peuvent être vus à la maison. Les deux bâtiments peuvent être inspectés de l’extérieur, mais ne peuvent pas être entrés. Près de l’entrée du sanctuaire se trouve le musée d’histoire de Yoshida Shoin (Rekishikan) qui rappelle les moments clés de la vie de Shoin à travers des expositions de personnages à taille humaine dans différents scénarios. Malheureusement, le musée plus ancien ne fournit aucune information en anglais. En outre, il y a la salle du trésor du sanctuaire (Homotsuden), ouverte en 2009 dans un bâtiment moderne et lumineux avec une boutique du musée, qui documente la chronologie de la vie et des enseignements de Shoin avec des expositions de ses écrits et lettres. Il n’a pas non plus beaucoup d’informations en anglais.

Parmi les anciens étudiants les plus en vue de Shoin se trouvait Ito Hirobumi, le premier Premier ministre du Japon. A cinq minutes à pied de l’enceinte du sanctuaire Shoin se trouvent deux anciennes résidences  d’Ito Hirobumi. Les visiteurs peuvent entrer dans les maisons et voir les intérieurs contrastés des deux maisons : la maison la plus ancienne et la plus humble était celle où vivait Ito Hirobumi avant qu’il ne devienne Premier ministre ; tandis que la maison plus récente et plus prestigieuse a été déplacée a Tokyo, où il a ensuite vécu dans la capitale alors qu’il était Premier ministre.